شرکت مهندسی دریاپالا انرژی دارای ساختار سازمانی ماتریسی متشکل از حوزه مدیریت، HSEQ ، واحدهای پشتیبانی ، مالی ، اداری ،  پروژه ها و واحد های مهندسی می باشد. مجموعه فعالیتهای مرتبط با هر قرارداد به عنوان پروژه در شرکت تعیین شده و از طریق مدیر هر پروژه ، فعالیتها به معاونت مربوطه ارجاع می گردد، به عنوان نمونه امور طراحی به معاونت مهندسی ارجاع  تا در واحدهای مهندسی مختلف موارد لازم طراحی و برون داد آن به مدیران پروژه که مشتری های داخلی سازمان تلقی می گردند تحویل شده تا در اختیار مشتریان طرف قرارداد، قرار گیرد. این شرکت کلیه امور محوله را در چارچوب ضوابط و استانداردهای ملی و بین المللی و  مطابق با چارت سازمانی خود به انجام می رساند.